Численность дельфинов, обитающих в Черном море, вследствие различных видов деятельности человека, катастрофически уменьшилась, а тюлень-монах, некогда обитавший на побережье Крыма, в настоящее время практически исчез. Океанариум использует различные формы работы, направленные на сохранение и восстановление редких животных, в числе которых – их разведение в условиях питомника.

        Уникальный гидротехнический комплекс, благоприятные внешний условия в связи с созданием на территории Океанариума Заказника позволили организовать питомник для разведения дельфинов и ластоногих.

       Уже много лет проводятся научно-исследовательские работы по решению целого комплекса проблем, связанных с воспроизводством морских млекопитающих. Созданы научные основы для селекции и разведения животных, получено потомство черноморских афалин и северных морских львов.
        На базе Океанариума создается центр спасения и реабилитации морских млекопитающих Черного и Азовского морей, который позволит больным и травмированным животным оказывать первую ветеринарную помощь, лечить их в стационарных условиях с содержанием в питомнике полуоткрытого типа и возвращать в природную среду.


Кроме того раскормлен, адаптирован к условиям неволи и обучен больной, дикий детеныш афалины 6-ти месячного возраста, приплывший в океанариум 14 ноября 2006 года. В настоящее время он обучен, участвует в представлениях.